Normaliomis sąlygomis šlapimo takų organuose bakterijų nėra ir šlapimas yra sterilus, todėl mikroorganizmai, patekę į juos, sukelia uždegimą.

Šlapimo takų infekcija (ŠTĮ) – vienas dažniausių įvairaus amžiaus žmonių sveikatos sutrikimų. Tai ne viena liga, o jų grupė, nes teoriškai, kiek yra organų, tiek gali būti infekcijos rūšių pagal uždegimo vietą. Be to, infekcija gali būti ūminė, lėtinė, besimptomė, nekomplikuota ar komplikuota, susijusi su šlapimo organų anomalijomis, akmenlige ar kitais veiksniais, sudarančiais palankias sąlygas mikroorganizmams patekti ir sukelti uždegimą.

Įtariant ŠTĮ atliekamas atrankinis šlapimo pasėlio tyrimas – rytinis šlapimas (arba šlapimas, kuris pūslėje buvo ilgiau nei 4 val.) surenkamas į sterilų indelį. Laboratorijoje šlapimas sėjamas ant mikrobiologinių terpių.

Po inokuliuoto testo inkubavimo ant agaro paviršiaus išauga matomos kolonijos. Kolonija susiformuoja dauginantis pavienei bakterijos ląstelei, kolonijų skaičius parodo kolonijas formuojančių vienetų (KFV/ml) koncentraciją šlapimo mėginyje (nuo >10³ iki >10⁷ KFV/ml).

Esant kliniškai reikšmingam bakterijų augimui, bakterijos yra identifikuojamos ir atsakyme pateikiamas infekcijos sukėlėjas ir jo jautrumas antibiotikams.  Jei ant testo terpės stebimas skirtingų bakterijų mišinys, galima teigti, kad šlapimo mėginys buvo  užterštas (neteisingai surinktas šlapimas) ir tokį tyrimą reikia kartoti.

Šlapimo pasėliui sterilus šlapimas priimamas darbo dienomis (penktadieniais iki 11 val.).