Šie antikūnai susidaro dirginant žarnyno gleivinę. Endomisiumas yra plonas jungiamojo audinio sluoksnis, kuris dengia žarnyno raumenų skaidulas. Endomisiumo (EMA) antikūnus turi apie 100 % asmenų, sergančių aktyvia celiakijos forma.

Kadangi šie antikūnai yra labai specifiški, jų nustatymas, esant išreikštiems simptomams, tam tikrais atvejais gali patvirtinti celiakiją išvengiant biopsijos; tai labai svarbu vaikams.

Antikūnų titrai mažėja griežtai laikantis dietos.

Endomisiumo antikūnų IgG (EMA-IgG) tyrimas atliekamas tada, kai nustatomos maža bendro IgA reikšmė. Tada didesniam jautrumui būtina atlikti ir anti-tTG–IgG. Teigiamą rezultatą patvirtina biopsija.